{rfName}
St

Indexado en

Licencia y uso

Icono OpenAccess

Citaciones

1

Altmetrics

Grant support

Spanish Ministry of Science and Innovation(MCIN); European Union (EU)NextGenerationEU: PRTR-C17.I1,Grant/Award Number: AGROALNEXT;MCIN; State Research Agency (AEI),Grant/Award Number:PID2022-138484OR-I00; EU; Governmentof Aragon: "Grupo de investigacion enFruticultura - Caracterizacion, Adaptacion yMejora Genetica", Grant/Award Number:A12_23R; Spanish Ministry of Science,Innovation and Universities (MCIU); AEI,Grant/Award Number: I.M-L. predoctoralcontrac

Análisis de autorías institucional

Medina-Lozano, InesAutor o CoautorBertolín, Juan RamónAutor o CoautorDiaz, AuroraAutor (correspondencia)

Compartir

14 de noviembre de 2024
Publicaciones
>
Artículo

Studies of genetic diversity and genome-wide association for vitamin C content in lettuce (Lactuca sativa L.) using high-throughput SNP arrays

Publicado en:Plant Genome. 17 (4): e20518-e20518 - 2024-10-24 17(4), DOI: 10.1002/tpg2.20518

Autores: Medina-Lozano, Ines; Bertolin, Juan Ramon; Plieske, Joerg; Ganal, Martin; Gnad, Heike; Diaz, Aurora

Afiliaciones

Agrifood Res & Technol Ctr Aragon CITA, Dept Anim Sci, Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
Agrifood Res & Technol Ctr Aragon CITA, Dept Plant Sci, Avd Montanana 930, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
SGS Inst Fresenius GmbH TraitGenet Sect, Seeland, Germany - Autor o Coautor
Univ Zaragoza, AgriFood Inst Aragon IA2, CITA, Zaragoza, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Lettuce (Lactuca sativa L.) is a source of beneficial compounds though they are generally present in low quantities. We used 40K Axiom and 9K Infinium SNP (single nucleotide polymorphism) arrays to (i) explore the genetic variability in 21 varieties and (ii) carry out genome-wide association studies (GWAS) of vitamin C content in21 varieties and a population of 205 plants from the richest variety in vitamin C ('Lechuga del Pirineo'). Structure and phylogenetic analyses showed that the group formed mainly by traditional varieties was the most diverse, whereas the red commercial varieties clustered together and very distinguishably apart from the rest. GWAS consistently detected, in a region of chromosome 2, several SNPs related to dehydroascorbic acid (a form of vitamin C) content using three different methods to assess population structure, subpopulation membership coefficients, multidimensional scaling, and principal component analysis. The latter detected the highest number of SNPs (17) and the most significantly associated, 12 of them showing a high linkage disequilibrium with the lead SNP. Among the 84 genes in the region, some have been reported to be related to vitamin C content or antioxidant status in other crops either directly, like those encoding long non-coding RNA, several F-box proteins, and a pectinesterase/pectinesterase inhibitor, or indirectly, like extensin-1-like protein and endoglucanase 2 genes. The involvement of other genes identified within the region in vitamin C levels needs to be further studied. Understanding the genetic control of such an important quality trait in lettuce becomes very relevant from a breeding perspective.

Palabras clave

Ácido ascórbicoAscorbic acidDiversidad genética (como recurso)Estudios de asociación del genoma completoGenetic variationGenome, plantGenome-wide association studyLactucaLactuca sativaLinkage disequilibriumLocMarkersPhylogenyPolimorfismo de un solo nucleótidoPolymorphism, single nucleotideRevealsSoftwareTraitsTranscriptome

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Plant Genome debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 52/273, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences.

2025-09-09:

  • Europe PMC: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-09-09:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 8.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 8 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 2.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 4 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Medina Lozano, Inés) y Último Autor (Díaz Bermúdez, Aurora).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Díaz Bermúdez, Aurora.