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Impacto en los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS)

Investigadores/as Institucionales

Calvo J.h.Autor (correspondencia)Iguacel L.p.Autor o CoautorFolch, JoseAutor o CoautorAlabart J.l.Autor o CoautorLahoz B.Autor o Coautor

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4 de junio de 2021
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Artículo
Sí

Development of a SNP parentage assignment panel in some North-Eastern Spanish meat sheep breeds

Publicado en: SPANISH JOURNAL OF AGRICULTURAL RESEARCH. 18 (4): 1-8 - 2020-01-01 18(4), DOI: 10.5424/sjar/2020184-16805

Autores:

Calvo, JH; Serrano, M; Tortereau, F; Sarto, P; Iguacel, LP; Jiménez, MA; Folch, J; Alabart, JL; Fabre, S; Lahoz, B
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Afiliaciones

ARAID, Av Ranillas 1-D, Zaragoza 50018, Spain - Autor o Coautor
CITA IA2, Prod & Sanidad Anim, Av Montanana 930, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
Grupo de investigación Sistemas AgroGanaderos Alimentarios Sostenibles (SAGAS). Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón - Autor o Coautor
INIA, Mejora Genet Anim, Ctra La Coruna Km 7-5, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
Instituto Agroalimentario de Aragón (IA2). Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón - Autor o Coautor
Univ Toulouse, GenPhySE, INRAE, ENVT, F-31326 Castanet Tolosan, France - Autor o Coautor
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Resumen

Aim of study: To validate two existing single nucleotide polymorphism (SNP) panels for parentage assignment in sheep, and develop a cost effective genotyping system to use in some North-Eastern Spanish meat sheep populations for accurate pedigree assignment. Area of study: Spain Material and methods: Nine sheep breeds were sampled: Rasa Aragonesa (n=38), Navarra (n=39), Ansotana (n=41), Xisqueta (n=41), Churra Tensina (n=38), Maellana (39), Roya Bilbilitana (n=24), Ojinegra (n=36) and Cartera (n=39), and these animals were genotyped with the Illumina OvineSNP50 BeadChip array. Genotypes were extracted from the sets of 249 SNPs and 163 SNPs for parentage assignment designed in France and North America, respectively. Validation of a selected cost-effective genotyping panel of 158 SNPs from the French panel were performed by Kompetitive allele specific PCR (KASP). Additionally, some functional SNPs (n=15) were also genotyped. Main Results: The set of 249 SNPs for parentage assignment showed better diversity, probability of identity, and exclusion probabilities than the set of 163 SNPs. The average minor allele frequency for the set of 249, 163 and 158 SNPs were 0.41 + 0.01, 0.39 + 0.01 and 0.42 + 0.01, respectively. The parentage assignment rate was highly dependent to the percentage of putative sires genotyped. Research highlights: The described method is a cost-effective genotyping system combining the genotyping of SNPs for the parentage assignment with some functional SNPs, which was successfully used in some Spanish meat sheep breeds.
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Palabras clave

Animal breedingAutochthonous breedsGenotypingGoatsIncreaseMicrosatellite markersPedigreePolymorphismsPrion protein geneReduced inequalitiesScrapieSterilityVerification

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista SPANISH JOURNAL OF AGRICULTURAL RESEARCH, y aunque la revista se encuentra clasificada en el cuartil Q3 (Agencia WoS (JCR)), su enfoque regional y su especialización en Agriculture, Multidisciplinary, le otorgan un reconocimiento lo suficientemente significativo en un nicho concreto del conocimiento científico a nivel internacional.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-03-12:

  • Google Scholar: 1
  • WoS: 2
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-03-12:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 7 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Además, el trabajo se ha enviado a una revista clasificada como Diamante en relación con este tipo de política editorial.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/10261/344280
Siguiendo con el impacto social del trabajo, es importante enfatizar el hecho de que, por su contenido, puede ser asignado a la línea de interés del ODS 10 - Reducir la desigualdad en y entre los países, con una probabilidad del 75% según el algoritmo mBERT desarrollado por Aurora University.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Calvo Lacosta, Jorge Hugo) y Último Autor (Lahoz Crespo, Belén).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Calvo Lacosta, Jorge Hugo.

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Objetivos del proyecto

Los objetivos perseguidos en esta aportación fueron validar dos paneles existentes de polimorfismos de nucleótido único (SNP) para la asignación de parentesco en ovejas, desarrollar un sistema de genotipificación rentable para su aplicación en poblaciones de ovino de carne del noreste de España, evaluar la diversidad genética y las probabilidades de exclusión de los diferentes conjuntos de SNPs (249, 163 y 158 SNPs), determinar la frecuencia alélica menor promedio de cada panel y analizar la dependencia de la tasa de asignación de parentesco respecto al porcentaje de machos supuestos genotipados. Además, se incorporó la genotipificación de SNPs funcionales para mejorar la precisión del sistema.
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Resultados más relevantes

Los resultados más relevantes del estudio se centran en la validación y desarrollo de paneles SNP para la asignación de parentesco en ovinos de carne del noreste de España. En primer lugar, el panel de 249 SNPs mostró una mayor diversidad genética, probabilidad de identidad y exclusión en comparación con el panel de 163 SNPs. En segundo lugar, las frecuencias alélicas menores promedio fueron 0,41 ± 0,01 para 249 SNPs, 0,39 ± 0,01 para 163 SNPs y 0,42 ± 0,01 para el panel de 158 SNPs. En tercer lugar, la tasa de asignación de parentesco dependió significativamente del porcentaje de sementales genotipados. Finalmente, se desarrolló un sistema de genotipado rentable que combina SNPs para asignación de parentesco y SNPs funcionales, aplicado con éxito en varias razas ovinas españolas.
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Reconocimientos ligados al ítem

FEDER within the POCTEFA framework PIRINNOVI EFA103/15
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