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This research was funded by the Spanish Ministerio de Economia y Competitividad (MINECO), projects AGL2010-15694 and AGL2014-59171-R. J.T. is funded by a Juan de la Cierva-Incorporacion grant (IJC2018-035036-I).

Análisis de autorías institucional

Grimplet, JeromeAutor o Coautor

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11 de junio de 2020
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Artículo
Sí

VviUCC1 Nucleotide Diversity, Linkage Disequilibrium and Association with Rachis Architecture Traits in Grapevine

Publicado en:Genes. 11 (6): E598- - 2020-06-01 11(6), DOI: 10.3390/genes11060598

Autores: Tello, Javier; Torres-Perez, Rafael; Flutre, Timothee; Grimplet, Jerome; Ibanez, Javier

Afiliaciones

Ctr Invest & Tecnol Agroalimentaria Aragon CITA, Unidad Hortofruticultura, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
Ctr Nacl Biotecnol CNB CSIC, Serv Bioinformat Genom & Proteom BioinfoGP, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Departamento de Viticultura, Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (CSIC, UR, Gobierno de La Rioja), 26080 Logroño, Spain. - Autor o Coautor
Inst Ciencias Vid & Vino CSIC, Dept Viticultura, UR, Logrono 26080, Spain - Autor o Coautor
Instituto Agroalimentario de Aragón-IA2 (CITA-Universidad de Zaragoza), 50059 Zaragoza, Spain. - Autor o Coautor
Servicio de Bioinformática para Genómica y Proteómica (BioinfoGP), Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), 28049 Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Unidad de Hortofruticultura, Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón (CITA), 50059 Zaragoza, Spain. - Autor o Coautor
Univ Paris Saclay, GQE Le Moulon, AgroParisTech, CNRS,INRAE, F-91190 Gif Sur Yvette, France - Autor o Coautor
Univ Zaragoz, Inst Agroalimentario Aragon IA2 CITA, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
Université Paris-Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech, GQE-Le Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette, France. - Autor o Coautor
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Resumen

Cluster compactness is a trait with high agronomic relevance, affecting crop yield and grape composition. Rachis architecture is a major component of cluster compactness determinism, and is a target trait toward the breeding of grapevine varieties less susceptible to pests and diseases. Although its genetic basis is scarcely understood, a preliminary result indicated a possible involvement of the VviUCC1 gene. The aim of this study was to characterize the VviUCC1 gene in grapevine and to test the association between the natural variation observed for a series of rachis architecture traits and the polymorphisms detected in the VviUCC1 sequence. This gene encodes an uclacyanin plant-specific cell-wall protein involved in fiber formation and/or lignification processes. A high nucleotide diversity in the VviUCC1 gene promoter and coding regions was observed, but no critical effects were predicted in the protein domains, indicating a high level of conservation of its function in the cultivated grapevine. After correcting statistical models for genetic stratification and linkage disequilibrium effects, marker-trait association results revealed a series of single nucleotide polymorphisms (SNPs) significantly associated with cluster compactness and rachis traits variation. Two of them (Y-984 and K-88) affected two common cis-transcriptional regulatory elements, suggesting an effect on phenotype via gene expression regulation. This work reinforces the interest of further studies aiming to reveal the functional effect of the detected VviUCC1 variants on grapevine rachis architecture.

Palabras clave

Association geneticsBerry sizeBunchCluster compactnessDisease resistanceFruitGenesGenetic variationGenomeGenotypeGrowth-regulatorsHaplotypesIdentificationInflorescenceLinkage disequilibriumMetalloproteinsPairwise relatednessPhenotypePhytocyaninsPlantPlant diseasesPolymorphism, geneticPolymorphism, single nucleotidePromoter regions, geneticRachis lignificationSingle nucleotide polymorphism (snp)Table grapeTargeted sequencingUclacyaninsVitisVitis vinifera lVitis vinifera l.Vitis viniferal

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genes debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 66/176, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Genetics.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.9, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-09, el siguiente número de citas:

  • WoS: 9
  • Scopus: 10
  • Europe PMC: 3

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-09:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 24.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 24 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 1.5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/10532/5048

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France.