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This work was supported by the Instituto Nacional de Investigacion y Tecnologia Agraria y Alimentaria (INIA) grants projects RTA2011-00140-C03-02, RTA2014-00018-C02-01 and XAPDIAG EUPHRESCO II project. JGC held a PhD fellowship from the Spanish Government (Ministerio de Educacion, Cultura y Deporte fellowship FPU12/01000). We like to express our gratitude to Dr. James H. Graham from the University of Florida, Citrus Research and Education Center (CREC), for the scientific and English revision of this manuscript.

Análisis de autorías institucional

Palacio-Bielsa, AnaAutor o Coautor

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17 de septiembre de 2019
Publicaciones
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Artículo
Sí

Draft genome sequence for virulent and avirulent strains of Xanthomonas arboricola isolated from Prunus spp. in Spain

Publicado en:Standards In Genomic Sciences. 11 (12): 12- - 2016-01-28 11(12), DOI: 10.1186/s40793-016-0132-3

Autores: Garita-Cambronero, Jerson; Palacio-Bielsa, Ana; Lopez, Maria M; Cubero, Jaime

Afiliaciones

Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón, Zaragoza, Spain. - Autor o Coautor
Ctr Invest & Tecnol Agroalimentaria Aragon, Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Inst Valenciano Invest Agr, Valencia, Spain - Autor o Coautor
Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria, Madrid, Spain. - Autor o Coautor
Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias, Valencia, Spain. - Autor o Coautor
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Resumen

Xanthomonas arboricola is a species in genus Xanthomonas which is mainly comprised of plant pathogens. Among the members of this taxon, X. arboricola pv. pruni, the causal agent of bacterial spot disease of stone fruits and almond, is distributed worldwide although it is considered a quarantine pathogen in the European Union. Herein, we report the draft genome sequence, the classification, the annotation and the sequence analyses of a virulent strain, IVIA 2626.1, and an avirulent strain, CITA 44, of X. arboricola associated with Prunus spp. The draft genome sequence of IVIA 2626.1 consists of 5,027,671 bp, 4,720 protein coding genes and 50 RNA encoding genes. The draft genome sequence of strain CITA 44 consists of 4,760,482 bp, 4,250 protein coding genes and 56 RNA coding genes. Initial comparative analyses reveals differences in the presence of structural and regulatory components of the type IV pilus, the type III secretion system, the type III effectors as well as variations in the number of the type IV secretion systems. The genome sequence data for these strains will facilitate the development of molecular diagnostics protocols that differentiate virulent and avirulent strains. In addition, comparative genome analysis will provide insights into the plant-pathogen interaction during the bacterial spot disease process.

Palabras clave

bacterial spot diseaseplant pathogenic bacteriaprunus spp.stone fruitsAnnotationBacteriaBacterial spot diseaseCog databaseGenusIdentificationIv secretionPlant pathogenic bacteriaProposalPrunus spp.Pv. pruniReclassificationStone fruitsSystemsXanthomonas arboricola

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Standards In Genomic Sciences, y aunque la revista se encuentra clasificada en el cuartil Q4 (Agencia WoS (JCR)), su enfoque regional y su especialización en Microbiology, le otorgan un reconocimiento lo suficientemente significativo en un nicho concreto del conocimiento científico a nivel internacional.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.83, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-25, el siguiente número de citas:

  • WoS: 16
  • Scopus: 19
  • Europe PMC: 7

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 32.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 32 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.25.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.