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We wish to express our sincere thanks and appreciation to Mr Paul Loubser and colleagues from Buffelsfontein Game & Nature Reserve and to Mrs. Hestelle Melville and Miss Laurenda Van Breda from the University of the Western Cape Nature Reserve Unit. We also thank Michel Peterschmitt for helpful discussions and Stephane Blanc for effective manuscript review. DPM, AV and GWH are supported by the National Research Foundation of South Africa (Grant No TTK1207122745). PH is supported by the Polyomyelitis Research Foundation (Grant No 15/102). This work was supported by Direction Generale de l'Armement (Grant No 201160060) (Ministere de la Defense, France), The Metaprogramme INRA Meta-omics of microbial ecosystems (Grant No 24000466) and CIRAD.

Análisis de autorías institucional

Escriu, FernandoAutor o Coautor

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17 de septiembre de 2019
Publicaciones
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Artículo

Molecular characterization and prevalence of two capulaviruses: Alfalfa leaf curl virus from France and Euphorbia caput-medusae latent virus from South Africa

Publicado en:Virology. 493 142-153 - 2016-06-01 493(), DOI: 10.1016/j.virol.2016.03.016

Autores: Bernardo, Pauline; Muhire, Brejnev; Francois, Sarah; Deshoux, Maelle; Hartnady, Penelope; Farkas, Kata; Kraberger, Simona; Filloux, Denis; Fernandez, Emmanuel; Galzi, Serge; Ferdinand, Romain; Granier, Martine; Marais, Armelle; Blasco, Pablo Monge; Candresse, Thierry; Escriu, Fernando; Varsani, Arvind; Harkins, Gordon W.; Martin, Darren P.; Roumagnac, Philippe;

Afiliaciones

CIRAD INRA SupAgro, UMR BGPI, Campus Int Montferrier Baillarguet, Montpellier 5, France - Autor o Coautor
CIRAD-INRA-SupAgro, UMR BGPI, Campus International de Montferrier-Baillarguet, Montpellier Cedex-5, France - Autor o Coautor
CIRAD-INRA-SupAgro, UMR BGPI, Campus International de Montferrier-Baillarguet, Montpellier Cedex-5, France. - Autor o Coautor
CIRAD-INRA-SupAgro, UMR BGPI, Campus International de Montferrier-Baillarguet, Montpellier Cedex-5, France. Electronic address: philippe.roumagnac@cirad.fr. - Autor o Coautor
CNRS IRD UM1 UM2, UMR 5290, MIVEGEC, Ave Agropolis, Montpellier, France - Autor o Coautor
CNRS-IRD-UM1-UM2, UMR 5290, MIVEGEC, Avenue Agropolis, Montpellier, France. - Autor o Coautor
Computational Biology Group, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences, University of Cape Town, Observatory, South Africa. - Autor o Coautor
Ctr Invest & Tecnol Agroalimentaria Aragon CITA, Unidad Sanidad Vegetal, Av Montanana 930, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
Department of Plant Pathology and Emerging Pathogens Institute, University of Florida, Gainesville, USA - Autor o Coautor
INRA, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie, Villenave d'Ornon Cedex, France - Autor o Coautor
INRA, UMR 1333, DGIMI, F-34060 Montpellier, France - Autor o Coautor
INRA, UMR 1333, DGIMI, Montpellier, France - Autor o Coautor
INRA, UMR Biol Fruit & Pathol 1332, Villenave Dornon, France - Autor o Coautor
School of Biological Sciences and Biomolecular Interaction Centre, University of Canterbury, Private Bag 4800, Christchurch, New Zealand - Autor o Coautor
School of Biological Sciences and Biomolecular Interaction Centre, University of Canterbury, Private Bag 4800, Christchurch, New Zealand. - Autor o Coautor
South African National Bioinformatics Institute, MRC Unit for Bioinformatics Capacity Development, University of the Western Cape, Cape Town, South Africa. - Autor o Coautor
Structural Biology Research Unit, Department of Clinical Laboratory Sciences, University of Cape Town, Observatory, South Africa. - Autor o Coautor
Unidad de Sanidad Vegetal, Centro de Investigacion y Tecnologıa Agroalimentaria de Aragon (CITA), Av. Montañana 930, 50059 Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
Unidad de Sanidad Vegetal, Centro de Investigacion y Tecnologıa Agroalimentaria de Aragon (CITA), Av. Montañana 930, 50059 Zaragoza, Spain. - Autor o Coautor
Unidad de Sanidad Vegetal, Instituto Agroalimentario de Aragón IA2 (CITA - Universidad de Zaragoza), Av. Montañana 930, 50059 Zaragoza, Spain. - Autor o Coautor
Univ Bordeaux, UMR Biol Fruit & Pathol 1332, Villenave Dornon, France - Autor o Coautor
Univ Canterbury, Biomol Interact Ctr, Private Bag 4800, Christchurch 1, New Zealand - Autor o Coautor
Univ Canterbury, Sch Biol Sci, Private Bag 4800, Christchurch 1, New Zealand - Autor o Coautor
Univ Cape Town, Dept Clin Lab Sci, Struct Biol Res Unit, Observatory, South Africa - Autor o Coautor
Univ Cape Town, Fac Hlth Sci, Computat Biol Grp, Inst Infect Dis & Mol Med, Observatory, South Africa - Autor o Coautor
Univ Florida, Dept Plant Pathol, Gainesville, FL 32611 USA - Autor o Coautor
Univ Florida, Emerging Pathogens Inst, Gainesville, FL USA - Autor o Coautor
Univ Western Cape, South African Natl Bioinformat Inst, MRC Unit Bioinformat Capac Dev, Cape Town, South Africa - Autor o Coautor
Univ Zaragoza, CITA, Inst Agroalimentario Aragon IA2, Unidad Sanidad Vegetal, Av Montanana 930, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
Université de Bordeaux, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie, Villenave d'Ornon Cedex, France. - Autor o Coautor
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Resumen

Little is known about the prevalence, diversity, evolutionary processes, genomic structures and population dynamics of viruses in the divergent geminivirus lineage known as the capulaviruses. We determined and analyzed full genome sequences of 13 Euphorbia caput-medusae latent virus (EcmLV) and 26 Alfalfa leaf curl virus (ALCV) isolates, and partial genome sequences of 23 EcmLV and 37 ALCV isolates. While EcmLV was asymptomatic in uncultivated southern African Euphorbia caput-medusae, severe alfalfa disease symptoms were associated with ALCV in southern France. The prevalence of both viruses exceeded 10% in their respective hosts. Besides using patterns of detectable negative selection to identify ORFs that are probably functionally expressed, we show that ALCV and EcmLV both display evidence of inter-species recombination and biologically functional genomic secondary structures. Finally, we show that whereas the EcmLV populations likely experience restricted geographical dispersion, ALCV is probably freely moving across the French Mediterranean region. (C) 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.

Palabras clave

alfalfa leaf curl viruseuphorbia caput-medusae latent virusfrancegeminiviridaegenome organizationprevalencerecombinationsecondary structuresouth africaAlfalfa leaf curl virusDiseaseDiversityEuphorbia caput-medusae latent virusEvolutionaryFranceGeminiviridaeGeminivirusGenome organizationGenome sequenceIdentificationNucleotide-sequenceOrganizationPrevalenceRecombinationSecondary structureSecondary structuresSouth africaSpainStranded-dna virus

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Virology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2016, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Virology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales de Scopus Elsevier, arroja un valor para la media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.08, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 4.7 (fuente consultada: Dimensions Sep 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-09-28, el siguiente número de citas:

  • WoS: 27
  • Scopus: 36
  • Europe PMC: 16

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-09-28:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 59.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 59 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 13.75.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 2 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France; New Zealand; South African Republic; United States of America.