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The authors would like to thank Dr Veronica Guajardo for providing data on 'Adafuel' SNPs and Bixente Sehabiague for his technical assistance. This work was funded by CSIC [grants 2020AEP119 & FAS2022_052], the Spanish Research Agency [grants AGL2017-83358-R & PID2023-146749OB-I00, funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 'A way of making Europe'] and the Government of Aragon [grants A44, A09_23R, A10_23R, and PhD contract to Najla Ksouri 2018-2023], which were cofinanced with FEDER funds.

Análisis de autorías institucional

Ksouri, NajlaAutor o Coautor

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20 de febrero de 2025
Publicaciones
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Artículo
Sí

Mapping the genomic landscape of Prunus spp. with PrunusMap

Publicado en:Horticulture Research. 12 (2): uhae301- - 2025-02-01 12(2), DOI: 10.1093/hr/uhae301

Autores: Ksouri, Najla; Moreno, Maria angeles; Contreras-Moreira, Bruno; Gogorcena, Yolanda

Afiliaciones

Estn Expt Aula Dei Consejo Super Invest Cient, Dept Genet & Plant Breeding, Lab Computat & Struct Biol, Ave Montanana 1005, E-50059 Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
Estn Expt Aula Dei Consejo Super Invest Cient, Dept Pomol, Grp Fruit Tree Breeding & Fuit Qual, Ave Montanana 1005, E-50059 Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
Estn Expt Aula Dei Consejo Super Invest Cient, Dept Pomol, Grp Genom Fruit Trees & Grapevine, Ave Montanana 1005, E-50059 Zaragoza, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Next-generation sequencing has fueled significant advancement in plant breeding tools, such as genome-wide association studies and single-nucleotide polymorphism (SNP) analysis. In this dynamic landscape, plant databases housing SNP markers have evolved into hubs facilitating breeding initiatives and genomic research. PrunusMap, accessible at https://prunusmap.eead.csic.es is an open-source Web application tailored for the Prunus community. Featuring a user-friendly interface, PrunusMap empowers users to seamlessly align and locate markers across multiple genome versions of Prunus species and cultivars, supporting different queries and formats. Beyond locating marker positions, it provides a comprehensive list of annotated nearby genes and proteins. This streamlined process, driven by four intuitive features 'Find markers', 'Align sequences', 'Align proteins', and 'Locate by position', significantly reduces workload and boosts efficiency, particularly for users with limited bioinformatics expertise. Moreover, PrunusMap's versatility is underscored by its commitment to incorporate additional Prunus genome sequences, annotations, and markers upon user request.

Palabras clave

Bases de datosMapeo de asociaciónMétodosPolimorfismo de un solo nucleótidoPrunusSecuenciación de alto rendimiento

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Horticulture Research debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2025, se encontraba en la posición 11/191, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-08-06:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 4.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 7 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 6 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/10532/7508

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Ksouri, Najla) .