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Institut Universitaire de France (to M.T.C., N.T.T.N.); ANR [ANR-14-CE11-0006-01 to M.T.C., N.T.T.N.]; ITMO Cancer [20CM114-00 to D.T., W.S.G.]; CONACYT [11311 to A.M.R., M.P.G.]; Universidad Nacional Autonoma deMexico PAPIIT (UNAM) [IA203021]; Spanish State Research Agency, EUROPEAN REGIONAL DEVELOPMENT FUND (FEDER) [AGL2017-83358R to N.K.; AEI/FEDER, UE]; Gobierno de Aragon [A08 17R, A09 20R, Phd Contract to N.K.]; PRIMA [PCI2019-103526 to B.C.M.; Programacion Conjunta Internacional, Programa Estatal de l+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad]; Erasmus+ (to N.K.); Norwegian Research Council [288404 to J.A.C.M.]; Institut Francais de Bioinformatique (IFB) [ANR-11-INBS-0013]; SEP-CONACYT-ECOS-ANUIES [291235 to A.M.R., M.T.C. and D.T.]. Funding for open access charge: Institut Universitaire de France.

Análisis de autorías institucional

Ksouri, NajlaAutor o Coautor

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4 de febrero de 2025
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Artículo
Sí

RSAT 2022: regulatory sequence analysis tools

Publicado en:Nucleic Acids Research. 50 (W1): W670-W676 - 2022-05-11 50(W1), DOI: 10.1093/nar/gkac312

Autores: Santana-Garcia, Walter; Castro-Mondragon, Jaime A; Padilla-Galvez, Monica; Nguyen, Nga Thi Thuy; Elizondo-Salas, Ana; Ksouri, Najla; Gerbes, Francois; Thieffry, Denis; Vincens, Pierre; Contreras-Moreira, Bruno; van Helden, Jacques; Thomas-Chollier, Morgane; Medina-Rivera, Alejandra

Afiliaciones

Aix Marseille Univ, INSERM UMR S 1090, Lab Theory & Approaches Genome Complex TAGC, F-13288 Marseille, France - Autor o Coautor
Estn Expt Aula Dei CSIC, Zaragoza 50059, Spain - Autor o Coautor
Inst Francais Bioinformat, CNRS, IFB Core, UMS 3601, Evry, France - Autor o Coautor
PSL Univ Paris, Inst Biol Ecole Normale Super IBENS, Ecole Normale Super, CNRS,INSERM, F-75005 Paris, France - Autor o Coautor
Univ Nacl Autonoma Mexico, Lab Int Invest Genoma Humano, Campus Juriquilla,Blvd Juriquilla 3001, Santiago De Queretaro 76230, Mexico - Autor o Coautor
Univ Oslo, Ctr Mol Med Norway NCMM, Nord EMBL Partnership, N-0318 Oslo, Norway - Autor o Coautor
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Resumen

RSAT (Regulatory Sequence Analysis Tools) enables the detection and the analysis of cis-regulatory elements in genomic sequences. This software suite performs (i) de novo motif discovery (including from genome-wide datasets like ChIP-seq/ATAC-seq) (ii) genomic sequences scanning with known motifs, (iii) motif analysis (quality assessment, comparisons and clustering), (iv) analysis of regulatory variations and (v) comparative genomics. RSAT comprises 50 tools. Six public Web servers (including a teaching server) are offered to meet the needs of different biological communities. RSAT philosophy and originality are: (i) a multi-modal access depending on the user needs, through web forms, command-line for local installation and programmatic web services, (ii) a support for virtually any genome (animals, bacteria, plants, totalizing over 10 000 genomes directly accessible). Since the 2018 NAR Web Software Issue, we have developed a large REST API, extended the support for additional genomes and external motif collections, enhanced some tools and Web forms, and developed a novel tool that builds or refine gene regulatory networks using motif scanning (network-interactions). The RSAT website provides extensive documentation, tutorials and published protocols. RSAT code is under open-source license and now hosted in GitHub. RSAT is available at http://www.rsat.eu/. [GRAPHICS] .

Palabras clave

AnimalsComputational analysisDatabaseElementsExplorationGene regulatory networksGenesGenome sequencesGenomicsRsatplants motif discoverySequence analysis, dnaSiteSize chip-seqSoftwareTranscription factors

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nucleic Acids Research debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 10/285, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 3.97. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 4.62 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 22.38 (fuente consultada: Dimensions Aug 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-08-03, el siguiente número de citas:

  • WoS: 47
  • Scopus: 49
  • Europe PMC: 55

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-08-03:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 66.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 72 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 24.8.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 42 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France; Mexico; Norway.