En el Departamento de Ciencia Vegetal se desarrolla investigación en 4 grupos principales de especies vegetales; frutales de clima templado, especies hortícolas, plantas aromático- medicinales y especies trufícolas. En especies frutales y hortícolas se desarrollan 4 áreas principales interrelacionadas entre si: 1) Recursos fitogenéticos, con la conservación y gestión, tanto de semillas, en el Banco de Germoplasma Hortícola, como de árboles frutales, en las colecciones de frutales de hueso y pepita. Todas las colecciones que se conservan pertenecen a la Red Nacional de Colecciones de Recursos Fitogenéticos para la Agricultura y la Alimentación del Programa Nacional de Conservación y Utilización de Recursos Fitogenéticos. 2) Mejora genética, con la obtención de nuevas variedades y en el desarrollo de herramientas que permitan optimizar el proceso de mejora y la selección mediante la identificación de marcadores y genes relacionados con caracteres de interés, principalmente para la producción y calidad. 3) Optimización de la producción, centrada en el estudio de aspectos agronómicos y biológicos que regulan procesos como la biología reproductiva, autoincompatibilidad floral, adaptación al cambio climático, fenología, compatibilidad de injerto, arquitectura del árbol, resistencia a plagas y enfermedades y tolerancia a estreses medioambientales. 4) En el área de Truficultura y Micología los estudios se centran en el análisis de la biodiversidad ectomicorrícica y fúngica de las truferas silvestres y cultivadas y en la caracterización de la biodiversidad micológica, así como en el análisis de las patologías y plagas asociadas a las truferas y el control y certificación de calidad de plantas micorrizadas y de trufas. 5) Calidad y postcosecha, donde se investiga la maduración de fruto y sus características organolépticas y composición nutricional, así como aspectos de aptitud para la conservación y la aplicación de diferentes tecnologías para prolongación de la vida útil, incluyendo el desarrollo de atmósferas modificadas y de nuevos envases más sostenible